药店确定国税的方法如下：
办理税务登记
药店需要携带营业执照、法人身份证、营业场所证明等相关文件，向当地主管国税部门办理税务登记手续。国税部门会核定税额并下达核定定额通知书，药店需按照通知书的要求进行缴税。
确定增值税
药品销售主要按照销售收入（不含税）的3%交纳增值税。但根据国务院规定，月销售额在2万元以下的药店可以暂免增值税。药店每月15日前需根据财务报表按实向国税申报。
其他税种
药店除了增值税外，还需缴纳企业所得税、城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加等。具体税率依据国家相关税法规定。药店在经营过程中需按照规定进行税务申报和缴纳税款。
定额税
一般规定，月销售额不足2万元的药店属于起征点以下，可以免税；超过这个数额的药店可以按定额户征收，每月缴纳定额税款。经营情况较好的药店也可以按帐核实征收。年收入达到12万元的药店需要自行申报缴纳个人所得税。
国税申报表
小规模纳税人每月需向国税缴纳增值税（销售额的3%）、城市维护建设税（增值税额的7%）、教育费附加（增值税额的3%）和地方教育费附加（增值税额的1%）。每月申报时，国税要报送小规模纳税人增值税申报表、资产负债表、损益表。
建议药店在经营过程中，详细了解和遵守相关税法规定，确保按时足额缴纳税款，避免因税务问题产生不必要的麻烦。