村卫生室的管理主要涉及以下几个方面：
业务管理：
村卫生室在业务方面主要归镇卫生院管。
人员资格管理：
如果是人员资格等方面，则归县一级卫生局管。
设置审批和执业登记：
县级卫生计生行政部门负责村卫生室的设置审批、执业登记和监督管理等工作。
整体规划：
国家卫生计生委会同国家发展改革委、财政部指导各地制订村卫生室的设置规划，并负责全国村卫生室的监督管理等工作。省、市级卫生计生行政部门会同同级发展改革、财政等部门制订本行政区域内村卫生室的设置规划，并负责本行政区域内村卫生室的监督管理等工作。
综上所述，村卫生室的管理涉及多个层级和部门的职责，但主要归县级卫生计生行政部门负责。建议在实际工作中，各级相关部门应加强协调和沟通，确保村卫生室的管理和服务工作能够顺利进行。