在处理店铺转让房租的问题时，可以采取以下几种方式：
私下和解
双方可以根据公平互惠的原则进行私下协商，以达成妥善的解决方案。
第三方协调
如果私下和解失败，可以寻求第三方进行客观公正的协调处理。
仲裁
依据相关的合同条款或事先约定的协议，可以委托具有权威性的仲裁机构进行裁决。
诉讼
如果仲裁未能解决分歧，当事人可以向人民法院提起诉讼，通过法律手段维护自身的合法权益。
具体处理建议
合同条款
仔细审查租赁合同中关于房租和转让的条款，明确双方的权利和义务。如果合同中有明确的约定，应当遵循合同条款进行处理。
证据收集
在处理房租纠纷时，应当收集相关证据，如租赁合同、转让协议、支付记录、维修记录等，以便在需要时提交给法院或仲裁机构。
法律咨询
在处理此类纠纷时，建议咨询专业律师，获取详细的法律意见和指导，以确保自身权益得到充分保障。
和解与调解
在整个处理过程中，保持与对方的良好沟通，尽量通过和解或调解的方式解决问题，以减少不必要的法律纠纷和成本。
通过以上方式，可以有效地处理店铺转让中的房租问题，维护各方的合法权益。