小规模纳税人在没有进项发票的情况下，可以采取以下几种方法来处理：
申请税务局代开发票
如果对方单位无法开具发票，可以向税务局申请代开发票。作为小规模纳税人，即使没有进项发票，也需要取得发票进行入账，不能使用其他收据或送货单代替。
将税费计入成本费用
由于没有进项发票，小规模纳税人不能抵扣相应的税费，因此需要将税费计入到成本费用中。这样，税费就可以作为成本的一部分，降低企业的利润，从而减少应纳税额。
按票面额计入成本
小规模纳税人应将票面金额直接按一般发票的面额计入成本，不存在进项发票、销项发票等一般纳税人的处理方式。
按率征收增值税
小规模纳税人的增值税征收方式是按率征收，税率一般为3%。这种简易的征收办法适用于小规模纳税人，因为他们的经营规模和会计核算等实际情况。
争取核定征收所得税
如果小规模纳税人是个体工商户、个人独资企业或合伙企业，可以向主管税务机关争取核定征收个人所得税。这种方式可以有效降低税负，因为核定征收的税率通常低于查账征收。
降低开支和重新安排财务架构
通过减少或取消部分投入，降低税率或应纳税额，重新安排财务架构等方式来降低税负的负担。
提高合法税收递延的抵扣
通过补偿子公司或引入增值税可抵消进项税等方式，提高税收优惠政策的适用。
加强内部控制和风险管理
提高纳税准备，加强风险控制，以及设置税务项目集管理等措施，有效缓解纳税压力，提升公司经营管理水平。
注意成本费用入账及纳税调增
没有发票的成本费用不能企业所得税前扣除，需要在汇算清缴时进行纳税调增。小规模纳税人需要及时办理税务登记，并且要确保所有财务记录和凭证的合法性和完整性。
通过以上方法，小规模纳税人可以在没有进项发票的情况下，合法合规地进行财务管理和税务处理，降低税负风险。