员工怀孕期间的工资计算方式主要取决于是否参加生育保险以及具体的工资标准。以下是详细的计算方法：
未参加生育保险的情况
如果女职工未参加生育保险，则按照其孕期前的工资标准来计算，由用人单位按月向其支付孕期工资。
参加生育保险的情况
如果女职工参与了生育保险，则按照用人单位上年度职工月平均工资的标准来计算，该费用由生育保险基金支付。
生育津贴的计算方法为：月缴费工资/30天×产假天数。产假期间企业无需向职工支付工资，而是由公司凭女职工的生育凭证，到生育保险基金处为其申请生育津贴，以生育津贴作为女职工产假期间的工资。
工资高于当地上年度月平均工资三倍的情况
如果工资高于当地上年度月平均工资三倍，则按照三倍标准支付，最高不超过十二个月。
产假与病假的区别
如果是产假，当然是三个月，按底薪算。计件按过去三个月的平均工资算。病假则按月收入来进行计算基数，所有月薪工人以月薪为计算基准，所有计件工人则以其过去三个月的平均工资为计算基准，但工人所有之工资不低于最低工资的80%。
企业不得降低工资报酬
在怀孕期间，企业也不能安排女员工从事高强度作业。等女员工请产假后，在产假期间，生育保险基金会支付产假工资给员工，就按照员工平均工资计算。执行固定工资制度的岗位女性员工，在怀孕期间，因身体原因请假，是不会扣工资的。用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。
综上所述，员工怀孕期间的工资计算方式主要根据是否参加生育保险以及具体的工资标准来确定。建议企业严格按照相关法律法规计算和支付孕期工资，以保障女职工的合法权益。