员工违纪
公司可以根据与员工签订的劳动合同中的约定进行扣款，例如因迟到、早退、旷工等违纪行为，公司可以扣除相应的工资作为惩罚。
纳税和社保
公司依法代扣代缴员工的个人所得税和社会保险费用，这是履行法定义务的行为，符合相关法律和法规的规定。
员工造成经济损失
如果员工在工作中造成了公司的经济损失，公司有权依法要求员工承担相应的赔偿责任，并可以从员工的工资中扣除相应的赔偿金额。但公司必须遵循法律程序，确保扣款行为的合法性和合理性，不能随意扩大扣款范围或提高扣款标准。
法院判决或裁定
法院判决或裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等，公司必须按照这些判决或裁定进行扣款。
法律、法规规定的其他扣款
除了上述情况外，法律、法规还规定的其他可以从劳动者工资中扣除的费用，例如某些罚款或赔偿等。
需要注意的是，公司在进行任何扣款时，都必须有明确的法律依据或合同约定，并且扣款行为应当合理、合法，不能侵犯员工的合法权益。此外，公司在扣除工资时，必须遵守相关法律规定，如每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。