商标注册的限制主要包括以下几点：
与他人在先取得的合法权利相冲突的商标不得注册：
如果商标与已注册或初步审定的商标相同或类似，或者与他人的在先权利（如著作权、专利权、企业名称权等）相冲突，则该商标不得注册。
违反诚实信用原则不得注册：
商标的注册和使用应当遵循诚实信用原则，如果存在欺诈、误导等不良意图，该商标不得注册。
不以使用为目的的恶意商标注册不予通过：
如果商标的注册目的不是为了实际使用，而是为了囤积、炒卖或侵犯他人权益，此类商标申请将不予通过。
三维标志的限制：
仅由商品自身的性质产生的形状、为获得技术效果而需有的商品形状或者使商品具有实质性价值的形状，不得注册为商标。
法律明确禁止使用的标志：
包括国家名称、国旗、国徽、国歌、勋章等相同或近似的标志，以及政府间国际组织的旗帜、徽记、名称等相同或近似的标志，均不得作为商标注册。
缺乏显著特征的标志不得注册：
如果商标仅直接表示商品的质量、主要原料、功能、用途、重量、数量及其他特点，或者其他缺乏显著特征，则不得注册，除非经过使用取得显著特征并便于识别。
与被撤销或注销未满一年的注册商标相同或近似的商标不得注册：
如果商标与被撤销或注销未满一年的注册商标相同或类似，则不得注册，除非是在同一种或类似商品上申请注册与因连续3年停止使用而被撤销的注册商标相同或近似的商标。
商标使用的限制：
商标使用应以核准注册的商标和核对使用的商品为限，不得超出核定使用的商品或服务范围，不得擅自改变核定使用的商品或服务项目名称，也不得使用未经核准的商标。
这些限制旨在保护消费者利益、维护市场秩序和保障商标的正当使用。申请人应确保其商标申请符合法律规定，避免因违反相关规定而被拒绝注册或撤销。