工程质保金的扣除方式主要有以下几种：
最后工程结算时扣除
在工程完成并进行最后结算时，根据结算价和约定的质保金比例计算质保金金额，然后在最后一次付款时扣除质保金，付清其余款项。
每次付款时扣除
根据合同约定的每次付款时间，在应付款金额中乘以质保金比例，扣除相应的质保金金额后支付剩余款项。
工程开始或结束时单独收取
在工程开始或结束时，除了工程款之外，单独收取质保金。
这些方式可以根据合同约定和实际情况进行选择，但需确保符合相关法律法规的规定。例如，《民法典》和《建设工程质量保证金管理办法》等法律法规对质保金的扣除方式有明确的规定。
建议在实际操作中，根据工程的具体情况和双方约定，选择最合适的质保金扣除方式，并在合同中明确约定，以避免后续纠纷。