日式庭院中常见的树木包括：
常绿乔木
红豆杉
日本扁柏类
月桂
山茶
日本女贞
冬青
杨梅
榧树
柏书树类
栎树类
荚迷锥栗树
桂花类
虎皮楠
厚皮香
樟树
铁冬青
荷花玉兰
日本辛夷
樱花类
紫薇
桦树类
白桦
婆罗花
朝鲜花楸
山茱萸
日本紫茎
木槿
玉兰类
四照花
南天竹
八角金盘
吊钟花
绣球花
日本红枫
常绿灌木
铺地柏
日本桃叶珊瑚
八仙花
龟甲冬青
刺柏
矮紫杉
厚叶香斑木
瑞香
华南十大功劳
圆柏
杜鹃类
海桐
阔叶十大功劳
光叶柃木
金丝桃
十大功劳
大叶黄杨
朱砂根
八角金盘
吊钟花
绣球花
日本吊钟化
卫矛
胡枝子
垂丝海棠
紫荆
贴梗海棠
芙蓉