电子汇票虽然具有许多优势，如便捷性、高效性和安全性等，但也存在一些弊端，主要包括以下几个方面：
企业认可度不高
企业对电子汇票的接受程度有限，流通性稍显不便。
需要企业网银
使用电子汇票需要企业具备网银功能，增加了企业的操作复杂性和成本。
法律地位缺失
目前，电子票据在《票据法》中尚未确立合法地位，电子交易的签章仅通过电子签名实现，法律认可度不足。
纠纷取证难
电子票据的格式和核押方式由各家银行自行确定，客户难以掌握电子票据的真实性，一旦发生纠纷，客户取证困难，增加了风险。
财务风险
电子票据可能需要转开成纸质票据，与直接背书的纸质票据相比，转让过程较为复杂。
安全风险
电子汇票基于网络技术，存在数据篡改、网络延迟、身份认证失败等安全风险，可能导致汇票签收失败，影响收付款权利的行使。
数据完整性风险
传输过程中可能发生数据中断、混乱、堵塞等现象，甚至存在数据篡改的可能，影响电子承兑汇票的正确信息传输和法律效力。
第三方法律风险
如果第三方恶意介入或盗用，可能导致出票人或收款人无法获得汇票收付款权利，汇票失去法律效力。
操作风险
电子汇票的操作流程较为复杂，可能增加操作失误或欺诈的风险。
系统准入门槛低
电子商业汇票系统准入门槛较低，可能导致企业盲目签发、接受或转让电子商票，增加信用风险和金融风险的概率。
客户端功能不健全
商业银行电子商业汇票系统客户端功能参差不齐，影响电子商票的流转。
不健全的电子票据运行机制
缺乏合理的定价机制、明确的法律责任规定和有效的市场监管，影响电子票据的推广和使用。
综上所述，电子汇票在推广和使用过程中需要解决法律地位、纠纷取证、财务处理、安全性和操作风险等方面的问题，以提高其流通性和企业接受度。